The Last of Us Part II se passa cinco anos após os acontecimentos do primeiro jogo. Joel e Ellie estão em um acampamento em Jackson, onde tentam levar uma vida normal. Nesse tempo, ela se envolve com Dina em um relacionamento que vai amadurecendo ao longo do jogo. Ao mesmo tempo, é com Joel que as coisas não vão nada bem… Mas tudo muda drasticamente quando ele, ao lado de seu irmão Tommy, some durante uma patrulha. Quando Ellie finalmente o encontra é tarde demais e, sem nenhuma chance de evitar o pior, o acontecimento desencadeia sua busca por vingança e respostas, mas também uma intensa crise de estresse pós-traumático. Ao longo do jogo são apresentados muitos flashbacks, que nos ajudam a entender as razões de Abby para o que fez e também os fatos que levaram ao desgaste da relação de Joel e Ellie. Além disso, a sua jornada é permeada por fragmentos sobre os Lobos da WLF (sigla para a Frente de Libertação de Washington, na versão em português), os Vaga-lumes (a entidade que estava à procura de uma cura para a infecção, no primeiro jogo) e os Serafitas ou Cicatrizes (o grupo de religiosos fanáticos que disputam Seattle com a WLF), que nos ajudam a compreender não apenas a história das protagonistas, mas este mundo caótico como um todo.
Mais experiente, Ellie descobre a verdade sobre os fatos do primeiro jogo através do próprio Joel. Após ter vivido em Jackson por quatro anos, a já adolescente protagonista do título tem na segunda parte de The Last of Us uma história de amadurecimento bem mais profunda do que quando nos é apresentada no início da série.
Filha de um cirurgião assassinado por Joel, Abby faz parte dos Lobos, um grupo militar com base em Washington. Ao lado de Manny e seus outros companheiros, ela sai de Seattle rumo a Jackson em busca de vingança. Por mais que pareça uma antagonista para muitos, a interpretação do game coloca ela como uma das principais e mais marcantes personagens de The Last of Us mesmo que não tenha aparecido no início da narrativa.
Joel conta a verdade sobre os Vagalumes para Ellie após quatro anos vivendo em Jackson. Em The Last of Us Parte II ele enfrenta as consequências de suas decisões tomadas no final do primeiro jogo da série.
O irmão de Joel continua no comando da comunidade de Jackson, mas tem que colocar a mão na massa após Abby aparecer nos arredores da comunidade em busca por vingança pela morte de seu pai. Neste segundo game da série, o personagem é bem mais ativo.
Dina é a namorada de Ellie e companheira da protagonista durante a sua busca por respostas. O final do game deixa um questionamento sobre o estado da relação das duas.
Jesse, o ex-namorado de Dina, após os acontecimentos em Jackson participa de parte da busca por vingança de Ellie em Seattle. Apesar de pouco tempo de tela, é muito importante em determinados momentos da história.
Depois de passar por uma transição de gênero, Lily passou a se chamar Lev. O irmão de Yara se desvencilhou do grupo dos Serafitas(ou Cicatrizes) após sua devota mãe lhe designar para um casamento. Reafirmando sua nova identidade, o ato causou indignação e ele foi exilado do bando.
Irmã de Lev, Yara seguiu o seu irmão após Lev ter sido exilado dos Serafitas. A dupla se junta à WLF (Lobos) e formam um vínculo que interfere diretamente no futuro da antagonista Abby.
Outro membro da Frente de Liberação de Washington, os Lobos, Manny é um dos principais aliados de Abby na trama de The Last of us Parte II.
Antes de se juntar aos Lobos, Owen trabalhou ao lado de Jerry Anderson, o pai de Abby, sua ex-namorada. Após o término, o sobrevivente passou a manter relações com Mel.
Uma médica treinada pelo pai de Abby, Mel também fez parte dos Vagalumes e se juntou à WLF. A personagem faz parte do grupo liderado pela antagonista e também participa da caça por vingança. No decorrer da história, ela mantém uma relação amorosa com Owen e fica grávida de seu companheiro.
